В период Гражданской войны в России (1918-1922 гг.) действия подводных лодок носили эпизодический характер с обеих сторон вследствие их технического состояния и отсутствия личного состава. На Черном море большая часть ПЛ была уничтожена немцами и врангелевцами в базах, либо угнана при эвакуации Крыма в 1920 г. (15 из 17 единиц, числившихся в составе ЧФ). Участие черноморских подводных сил в боевых действиях за этот период не отмечено. На Балтийском море из 26 ПЛ, числившихся в составе БФ, по различным причинам были потеряны 9 единиц. Остальные лодки, зачастую находившиеся в неудовлетворительном техническом состоянии, были включены в состав Рабоче- Крестьянского Красного Флота. Некоторым из них удалось повоевать. Лодки «Минога» и «Макрель» в мае 1919 г. участвовали в бою в Тюб-Карагинском заливе. ПЛ «Пантера» под командованием А.Н. Бахтина 31.08.1919 г. у острова Сескар потопила стоящий на якоре новейший эсминец английских интервентов «Виттория». Эта лодка находилась в строю вплоть до Великой Отечественной войны. Во время гражданской войны в Испании (1936-1939 гг). по инициативе Н.Г. Кузнецова для оказания помощи республиканским подводным силам, насчитывавшим 12 субмарин, были посланы 6 лучших советских командиров-подводников: Н.П. Египко, И.А. Бурмистров, Г.Ю. Кузьмин, В.А. Егоров, И.В. Грачев, С.П. Лисин. Их деятельность на испанском флоте была отмечена высокими правительственными наградами, а Н.П.Египко и И.А. Бурмистров первыми из подводников удостоились звания Героя Советского Союза. В войне СССР с Финляндией (1939-1940 гг.) подводные лодки КБФ принимали участие лишь на ее начальной стадии, в основном, по причине климатических ограничений (раннего ледостава на Балтике), что крайне затрудняло условия их боевой деятельности. Всего же за этот короткий период советские ПЛ уничтожили 6 судов противника, потеряв одну лодку (С-2). За успешную боевую деятельность звание Героя Советского Союза было присвоено еще трм подводникам: командиру ПЛ Щ-311 Ф.Г. Вершинину, командиру ПЛ Щ-324 А.М. Коняеву и командиру С-1 Трипольскому. Их лодки стали Краснознаменными.